由于飼養(yǎng)環(huán)境和雞糞肥排泄方式與其他畜禽不同，養(yǎng)殖戶習(xí)慣于露天晾曬雞，進(jìn)而導(dǎo)致蛆蟲大量繁殖，產(chǎn)生臭味問題。另外，由于生雞糞濃度高、價格低廉，農(nóng)民常使用未發(fā)酵的生雞糞作為農(nóng)作物（果樹）的肥料。當(dāng)它與水接觸時，會再次發(fā)酵并產(chǎn)生惡臭，形成臭味和蒼蠅滋生的環(huán)境。衛(wèi)生問題以及對病原菌傳播的擔(dān)憂也會因施肥不當(dāng)而影響作物生長，導(dǎo)致土壤線蟲的出現(xiàn)。因此，農(nóng)民在考慮肥料分配和投入成本的同時，也須面對施用生雞糞的不良后果。
     為了減少生雞糞對環(huán)境衛(wèi)生的影響，雞糞在施用前需要進(jìn)行適當(dāng)?shù)亩逊屎桶l(fā)酵。但傳統(tǒng)的堆肥方法處理雞糞，容易產(chǎn)生臭味，費時、費力、需要處理空間。此外，部分氮會以氨（NH3）的形式損失。農(nóng)民普遍認(rèn)為肥料不如生物質(zhì)有效。雞糞使用成本較高，因此其應(yīng)用不如生雞糞普及。另一方面，雞糞堆肥時產(chǎn)生的臭味對附近居民影響較大。多年來，畜牧場、堆肥場成為公眾的“鄰避設(shè)施”，引發(fā)公眾抗議和臭味事件投訴會時不時聽到。